Nell'Accademia dei Fisiocritici sono conservate nella Sezione Botanica del Museo di Storia Naturale:
una Collezione Micologica,
una Collezione Lichenica,
tre Erbari.

In una sala dell'Accademia, che si affaccia sull'Orto Botanico, sono riuniti in una vetrina, alcuni esemplari esemplificativi della spermoteca e della collezione xilologica appartenenti alla Sezione Museo Botanico del Dipartimento di Scienze Ambientali "G. Sarfatti" dell'Università di Siena.