Alla morte del Mascagni (1815), il nobile senese Giulio del Taia decise di donare a Siena un mausoleo marmoreo che ricordasse il grande anatomico. Nel 1816 diede l'incarico a Stefano Ricci, insegnante di scultura nell'Accademia delle Belle Arti di Firenze. L'opera terminata nel 1821, fu collocata il 4 giugno nella Libreria Piccolomini del Duomo di Siena. Con la ristrutturazione del Palazzo universitario e la sistemazione dell'atrio d'ingresso, il 30 maggio 1893, il mausoleo fu trasferito sotto il portico del Rettorato. Fu poi sistemato nell'atrio degli Istituti Biologici del Laterino in occasione dell'inaugurazione del museo e della biblioteca Mascagni il 19 novembre 1930.
Terminata la mostra "La scienza illuminata. Paolo Mascagni nel suo tempo (1755-1815), (Siena, ottobre 1966-febbraio 1997), il cenotafio fu collocato nell'attuale sede.