Il piccolo fondo archivistico, costituito dalle carte prodotte dalla famiglia Mascagni, fu ceduto dagli eredi nel 1929 insieme alla biblioteca dell'anatomista. Acquisiti grazie ai contributi del Ministero della Pubblica Istruzione, del Comune e del Monte dei Paschi di Siena, furono custoditi dall'Università fino a quando nel 1971 furono trasferiti all'Accademia dei Fisiocritici.
Il carteggio, che copre un arco cronologico compreso fra il 1767 e il 1828, è costituito da appunti di studi e documenti relativi a vicende personali di Paolo Mascagni, parte della sua corrispondenza con altri scienziati, documenti inerenti i suoi familiari, in particolare il fratello Bernardino.