La biblioteca dell'anatomico toscano fu ceduta dagli eredi nel 1929. Acquisita grazie ai contributi del Ministero della Pubblica Istruzione, del Comune e del Monte dei Paschi di Siena, fu custodita dall'Università degli Studi di Siena, fino a quando nel 1971 venne trasferita all'Accademia dei Fisiocritici.
Un primo elenco dei libri appartenuti al Mascagni, assai sintetico e approssimativo, era stato compilato, alla fine degli anni Venti da Giovanni Tramontano Guerritore, bibliotecario dell'Accademia dei Fisiocritici.
L'unica fonte di conoscenza del materiale della Biblioteca Mascagni era un catalogo cartaceo, risalente presumibilmente agli anni Sessanta, alquanto lacunoso.
In attesa di poter realizzare la completa catalogazione informatica, l'Accademia ha redatto, a cura della bibliotecaria Dott.ssa Bratto, una prima "ricognizione" della sua Biblioteca: oltre 1.500 volumi comprendenti anche circa 170 miscellanee e 35 testate di riviste.
La lista delle monografie, compilata per autore e con le principali informazioni e l'eventuale presenza di tavole, è stata pubblicata in: La Scienza Illuminata. Paolo Mascagni nel suo tempo (1755-1815), Siena 1996.