Paolo Mascagni, di Aurelio, nasce a Pomarance (Pisa) nella casa della madre Elisabetta Burroni, il 25 gennaio 1755. Compie gli studi secondari a Siena, dove si laurea in Filosofia e Medicina il 9 maggio 1778. Nei cinque anni trascorsi in collegio prima della laurea, tra i suoi insegnanti figura per l'Anatomia Pietro Tabarrani, conoscenza tanto essenziale per il futuro di Mascagni.
I suoi primi interessi si rivolgono soprattutto al mondo delle scienze naturali, come testimoniano gli studi sui Lagoni del Senese e del Volterrano. Gli interessi medici rimangono comunque sempre i prediletti, alimentati anche dalla fiducia che in lui ripone il professore Tabarrani.
Il 4 aprile 1778 il Mascagni viene nominato 'Lettore supplente' del Maestro, il 9 luglio dello stesso anno suo Aiuto e 'Lettore ordinario' il 4 aprile 1780.
Nel 1798 viene eletto presidente dell'Accademia dei Fisiocritici di Siena, cenacolo dei più dotti docenti dell'Ateneo Senese.
A seguito di sette mesi di detenzione per la sua partecipazione alla Municipalità, governo a carattere giacobino-repubblicano, il sorvegliato politico Paolo Mascagni, con motu proprio del 22 ottobre 1801 del Re di Etruria, viene nominato Professore di Anatomia a Pisa, con l'obbligo di leggere le proprie lezione due volte la settimana nell'Arcispedale fiorentino di S. Maria Nuova.
Solo dopo la morte di Re Ludovico I di Borbone, la vedova, Regina Reggente, dispone che il Mascagni, resasi libera la cattedra di Anatomia nell'Ateneo Fiorentino, venga chiamato nel 1803 all'insegnamento con il titolo di Professore Ordinario.
Ma durante uno dei suoi soggiorni nella propria villa di Castelletto (Chiusdino, Siena) improvvisamente è colpito da un attacco di 'febbre perniciosa', che lo porta alla morte il 19 ottobre 1815.