Per "patrimonio Mascagni" si intende tutto il materiale scientifico, storico e documentario del "periodo senese" del grande anatomico e cioè fino al 1800, quand'egli si trasferì a Pisa e poi a Firenze: le opere a stampa, i preparati anatomici, la sua biblioteca, nonchè un fondo di documenti che avrebbe costituito l'attuale Archivio Mascagni.
L'eterogeneo materiale è stato riunito nell'unica sede espositiva dell'Accademia dei Fisiocritici, dove è in corso il suo recupero (restauro, catalogazione, ripresa fotografica).