La collezione di molluschi marini, dulcacquicoli e terrestri dell'Accademia dei Fisiocritici è una delle più ricche fra quelle conservate nel Museo. A formarla e ad arricchirla contribuirono nel secolo scorso numerosi malacologi tra i quali il Prof. Gaspero Mazzi cui si deve la prima revisione sistematica. Si tratta per lo più di raccolte effettuate con una precipua motivazione estetica, come si evince anche dal fatto che in molti esemplari sono mancanti le località di provenienza. Fanno eccezione, e quindi meritano di essere segnalate anche per il loro valore scientifico, la raccolta di molluschi dei dintorni di Siena del Dr. Saverio Bonelli che nel 1872 pubblicò anche il relativo catalogo, e la recente collezione di conchiglie appartenenti al gruppo delle Cipree, provenienti da molteplici località del globo, procurate, classificate e sistemate da in anni recenti da Nicola Baccetti ed Elisabetta Weber.