Prese origine da una vecchia collezione di Anatomia Comparata, comprensiva della donazione Duranti e catalogata da Dei (1880), ma subì una significativa espansione soprattutto in anni più recenti, grazie all'attività poco nota e ancor meno riconosciuta di Rutilio Panti. Tra le varie collezioni oggi esistenti, quella dell'Università ha subito i maggiori danni, soprattutto a causa dello smembramento e delle divisioni avvenute nel tempo tra i diversi istituti. Il materiale superstite è stato in gran parte riunito ai Fisiocritici da Baccio Baccetti intorno al 1970 e, grazie anche a donazioni avvenute successivamente da parte degli istituti che conservavano altri piccoli nuclei, oggi possiamo dire che tutto ciò che rimane di questa collezione è raccolto in questo Museo.