Massimiliano Ricca, uomo dottissimo e personalità di spicco del suo tempo, sembra essere il vero fondatore, nei primi anni dell'Ottocento, delle collezioni zoologiche iniziate grazie ai "molti oggetti di zoologia che egli aveva acquistato con il proprio denaro". Il primo catalogo oggi esistenti venne redatto solo nel 1845, quando l'abate Don Francesco Baldacconi prese in consegna la collezione in qualità di preparatore e curatore. Alcuni dei pezzi citati dal Baldacconi sono ancora oggi esistenti. A parte pochissimi esemplari esotici, questo nucleo sembra essere costituito completamente da fauna locale o quantomeno toscana. Importanti donazioni vennero fatte da Vittorio Pecchioli nel 1855 e dal Museo di Firenze nel 1862.
Dal 1970, dopo un lungo periodo di stasi, è iniziato un sostanziale arricchimento della Collezione, grazie a scambi con Parco Nazionale d'Abruzzo che hanno consentito l'acquisizione di reperti importanti quali il Camoscio d'Abruzzo e l'Orso marsicano, e grazie alle attività di recupero di mammiferi marini spiaggiati, effettuate per conto del Centro Studi Cetacei. La raccolta cetologica costituisce oggi una tra le più importanti collezioni italiane nel settore, di grande rappresentatività soprattutto al livello tirrenico.