La collezione ornitologica costituisce probabilmente la parte di maggior valore della Sezione Zoologica del Museo dell'Accademia. Essa nacque con lo scopo di essere una collezione riferita a un territorio, ossia una collezione che doveva contenere, per "offrirne un saggio", le sole specie della fauna locale. Proposito che si evince con chiarezza dalle parole di Francesco Baldacconi (1841), che riferendosi alla collezione ornitologica scrive: "...offre un saggio, piccolo tuttora, ma soddisfacente, dell'Ornitologia della nostra Provincia, essendone appunto questo lo scopo principale."
Il primo preparatore dell'Accademia dei Fisiocritici fu lo stesso abate don Francesco Baldacconi che si preoccupò anche di redigere il primo "Indice dei Volatili" esistenti nella sezione zoologica del museo.
Ai preparati costituenti la Collezione Senese dei Fisiocritici si aggiunsero rapidamente anche uccelli di altra origine che però furono, probabilmente, fin dall'inizio tenuti separati e costituirono la Collezione Generale dei Fisiocritici.