Le tre collezioni di Pesci, Anfibi e Rettili del Museo dei Fisiocritici ebbero inizio ai primi dell'800 come il resto delle altre collezioni. Con acquisizioni dirette e doni vari esse si sono progressivamente arricchite di reperti di fauna locale ed esotica. In attesa di una moderna catalogazione, è difficile giudicare il valore dei reperti appartenenti a questi gruppi animali, buona parte dei quali sono conservati in alcool e non esposti al pubblico.