La Sezione Zoologica del Museo collabora: con il Corpo Forestale dello Stato, il Corpo di Polizia Provinciale di Siena, vari Istituti e Dipartimenti dell'Università di Siena, il Centro Studi Cetacei, altri musei zoologici e amministrazioni pubbliche, l'Istituto Nazionale per la Fauna Selvatica, il Centro Ornitologico Toscano e altre organizzazioni non-governative, tra cui il WWF-Italia.