I contenuti di maggior pregio

• Collezione ornitologica della Toscana meridionale, specie ornitiche estinte o in estinzione quali Numenius borealis.
  Catalogo online della Collezione Ornitologica
• Collezione osteologica di Cetacei, scheletro di Kogia simus (unico reperto mediterraneo di questo piccolo capodoglio, proprio degli oceani dell'emisfero meridionale).
• Collezione Bonelli di Molluschi toscani.