Sono effettuate mostre temporanee utilizzando anche reperti presenti nel Museo.

Nell'Accademia sono tenute almeno due volte l'anno adunanze scientifiche pubbliche, durante le quali gli accademici presentano i risultati delle loro ricerche.

Nell'Accademia si svolgono diverse conferenze, convegni ed altre attività culturali.
La diffusione della cultura scientifica, al di fuori dei luoghi tradizionali della ricerca e del suo insegnamento, è il compito del Gruppo di lavoro Insieme per la Scienza.

L'Accademia pubblica:
- il periodico Atti dell'Accademia delle Scienze di Siena detta de' Fisiocritici
- la collana Memorie
- altre Pubblicazioni
- il periodico scientifico-divulgativo Etrurianatura
- Quaderni scientifico-naturalistici del Sistema Musei Senesi
Quaderni scientifici Fondazione Musei Senesi