L’Imperatore nel 1556 aveva chiamato Mattioli a Praga, come medico personale del figlio: il Principe Ferdinando d’Austria, Conte di Tirolo e Governatore per 10 anni della capitale boema.
Lo vediamo nel ritratto eseguito nel 1548 dal pittore Jacob Seinegger. Mattioli curò con molta attenzione e dolcezza il suo illustre paziente in occasione di una crisi depressiva acuta.
Lo rivelano sei lettere da lui spedite nel febbraio 1563 all'Imperatore padre, lettere tradotte e pubblicate per la prima volta, nel libro su Mattioli, sotto il titolo: "Rabarbaro, Manna e Senna: la dolce medicina di Pietro Andrea Mattioli per il principe Ferdinando d'Asburgo, colpito da una crisi di melanconia".